1644年3月，面對李自成大軍的強勢逼京，崇禎帝知道自己的王朝大勢已去，他決定要以死殉國。但作為一國之君也是兒子的父親，他不忍心自己的王朝就此銷聲匿跡、自己的骨肉就此年少殞命，一線生機也要極力爭取。於是，有一天晚上他叫來自己的三位十來歲的皇子朱慈烺、朱慈炯、朱慈炤，做了最後的叮囑：萬一生還，一定要光復社稷！隨後，便命人將三人送出宮去，三位少年淚流滿面跪別父親，消失在茫茫的夜色中。
就這是句殉國之主悲情的叮囑，後來讓清王朝頭疼夢魘了近百年。
當時三位皇子中，年齡最大的是太子慈烺。據清官方記述，慈烺出宮後即被李自成所獲，繼而挾帶到山海關。李自成在一片石戰敗後，朱慈烺也消失於亂軍之中。但在明末清初的婁東詩派開創者吳偉業的《綏寇紀略》則記錄了一條當時的傳聞：李自成撤離北京西行時，有人親眼看到太子“緋衣乘馬”隨往山西……
總而言之，三位皇子出宮後就沒了確切訊息。誰知，幾個月後，南北兩地幾乎同期出現“太子”蹤跡，攪得天下風生水起。1645年3月，一個自稱太子的人在南京出現。經過南明的刑部與錦衣衛聯合審訊，得知這個18歲的皇太子假冒者，名叫王之明，生於保定。由於長得像明太子，被南明鴻臚寺少卿高夢箕的奴僕穆虎等人利用並突擊培訓，出來冒充皇太子，南明朝廷迅速定讞，公佈真相，甚至將審訊的記錄文字，刊刻頒佈天下。然而，公眾對小朝廷不信任，明朝的軍政大臣也攪和進來了，使事態變得複雜起來。後來，德高望重的兵部尚書史可法站了出來，宣佈這個王之明個假的，輿情才稍安定一些。
與此同時，有一天，在北京，一個十幾歲的少年突然來到了崇禎帝老丈人周奎府第，自稱是前明太子。狡猾的周奎不認，並將這個“太子”交給了當局。清廷很重視，立刻將其送交刑部會勘，並傳喚有關人證。包括前明宮中太監、錦衣衛等當堂認證，都說是真太子。“太子”被收獄中的訊息傳播開來後，京城計程車紳百姓紛紛上書，為“太子”辯護。為平息輿論，攝政王多爾袞親自在便殿升堂垂問案子進展情況。在堂上，大臣們分為兩派，爭得不可開交。攝政王震怒，索性將這個“太子”殺了。至於南京那個“太子”，幾經周折被豫親王多鐸擒走後竟沒了訊息。
南北兩“太子”疑案尚未塵埃落定，又蹦出了個前明的“朱三太子”，而且愈演愈烈。
“朱三太子”最早出現在1651年，也就是順治八年，有人告發一個茶葉販子是崇禎帝的三皇子。1655年2月，漕運總督蔡士英又奏告，江西南昌人朱周鎮，號稱“朱三公子”，假稱三十場軍門，“暗通海賊，潛謀叛亂”。第二年，清兵又在直隸拿獲朱慈焞，此人自稱是崇禎帝之子，亦欲舉事抗清，後來被證明這些都是假的。
“朱三太子”的隆重登場是在1673年，也就是康熙十二年，類似情節在電視劇《康熙王朝》中也有。這一年十一月，吳三桂在昆明起兵反叛。為了營造漢人反清復明的輿論氛圍，他在《反清檄文》中為當年投降清廷作了辯護，說他當年由於矢盡兵窮，“不得已歃血訂盟，許虜藩封”。為此，他還編造了一個周、田二皇親抱來先皇三太子“寄命託孤”的故事，來證明自己多年一直在韜光養晦，密圖恢復。
好巧不巧的是這一年的12月21日，康熙帝正式得知吳三桂起兵的確切訊息。而就在這天晚上，北京城中一名楊起隆的人自稱“朱三太子”，密謀起事。幾天後，計劃洩密，楊起隆在清廷抓捕中逃走，也不知所蹤。
到1707年，也就是康熙四十六年（1707年）蘇州又有人以“朱三太子”起事，“以紅布裹頭，豎大明旗號”。不久，這位“朱三太子”在山東汶上縣被抓獲。據這位75歲的“朱三太子”交代，自己叫朱慈煥，是崇禎帝第四子，流落南方後在鳳陽被一王姓鄉紳收養，改名叫王士元。後入贅浙江餘姚縣胡家。他曾在一種半推半就的情況下被幾夥人所擁戴過。為躲避清廷追查，他舉家遷到湖州府長興縣。後來，由於不堪壓力但他的一妻一妾、三個女兒和大兒媳都上吊而死，三個兒子也被收入監牢。後來，經會審辨認，此人也是假冒的，被康熙凌遲處死，三個兒子也被斬立決。
到1721年臺灣朱一貴起義爆發，還是打著“朱三太子”的旗號。甚至到了雍正年間，在江南又有甘鳳池、周昆來、張雲如等人打著“朱三太子”的旗號在活動……
這些“朱三太子”到底是真是假，已永遠成為懸案。那三名乘夜色逃走的少年，從小養在深宮錦衣玉食弱不禁風，在那樣戰火紛飛的時局中，必定是凶多吉少，那些層出不窮的“朱三太子”們，不過是民間與江湖上反清復明勢力的一種號召、一面旗幟罷了。